Introdução: O Acidente Vascular Cerebral (AVC) é a segunda maior causa de morte no mundo e está relacionado a alterações cardiovasculares em sua maioria. Na literatura, o AVC está relacionado com disfunções cardiovasculares, no entanto, não está claro como a lateralidade do hemisfério lesionado influencia nas disfunções autonômicas. Objetivo: Comparar se há diferença na função autonômica entre os lado direito e esquerdo da lesão em pacientes pós-AVC. Métodos: Trata-se de um estudo observacional transversal com dados parciais em que foram incluídos voluntários pós-AVC unilateral e isquêmico que estejam na fase crônica (>6 meses e <2 anos). A avaliação da função autonômica foi realizada por meio da Variabilidade da Frequência Cardíaca (VFC) no domínio do tempo e da frequência. Durante as coletas, os voluntários foram monitorados em posição supina por meio de uma cinta peitoral elástica (Polar H10). A coleta durou 20 minutos, 10 minutos para estabilização dos sinais e 10 minutos para registro dos dados da VFC. Os dados foram tabulados utilizando o software Excel e operacionalizados pelo software SPSS 22. Resultados: 16 voluntários foram incluídos (12 do sexo feminino e 4 do sexo masculino; idade 61,5±9,334 anos), em que 8 apresentavam lesão à esquerda e 8 à direita, e tempo médio do AVC de 14,75±6,379 meses. Com relação a VFC no domínio de tempo, os voluntários com AVC do lado esquerdo apresentaram valores de SDNN (21,56 ± 9,73 ms) e RMSSD (22,74 ± 11,73 ms) maiores do que voluntários com AVC do lado direito (SDNN 14,38 ± 6,07 ms e RMSSD 12,00 ± 4,94 ms), sendo que estes índices representam a atividade parassimpática. Para as variáveis no domínio de frequência, indivíduos com lesão à esquerda apresentaram BF (baixa frequência) de 51,09 ± 14,36 n.u, AF (alta frequência) de 48,85 ± 14,36 n.u e relação BF/AF igual a 1,24 ± 0,84. Indivíduos com lesão à direita apresentarem BF de 58,56 ± 16,59 n.u, AF de 48,85 ± 14,36 n.u, e relação BF/AF igual a 1,77 ± 1,10. O teste t independente de Student mostrou uma diferença significativa apenas para a variável RMSSD, t(9,411) = -2,385, p = 0,04, IC95% [0,62, 20,86]. Conclusão: O estudo sugere que indivíduos com lesão à direita podem ter maior comprometimento da função autonômica, visto que esta população apresentou menor ativação parassimpática em repouso.